Ontology

Memは抽出したすべてのエンティティに型を付けます。 初期状態ではconcept、product、method、termなどの汎用的な語彙を使います。 多くの場合はそれで十分です。 Ontologyを設定しなくても、既存の機能が使えなくなることはありません。

ただし、専門分野には固有の名詞があります。 抗体研究のチームが扱うのは、漠然としたproductやconceptではなく、cell line、assay、antibody、target、protocol、instrumentです。 訴訟チームなら、matter、client、opposing party、statute、filing、deadlineを使います。

Ontologyは、あなたの分野の語彙をMemに伝えるための仕組みです。 設定すると、エンティティ抽出はその語彙に沿って判断します。 同じ実在の対象が別々の型に分かれにくくなり、知識グラフを型ごとに見たり質問したりできます。

開く場所

Graphを開き、右側のパネルでTypesを選びます。

Ontologyは、グラフから切り離された設定画面ではありません。 型はグラフ上の対象が何であるかを表すため、実際のエンティティを見ながら判断するのが自然です。Typesを開くと型表示になり、離れるとグラフは元の表示に戻ります。

最初に試すこと

Graph → Typesを開きます。 Ontologyをまだ設定していない場合、Memがこれまで抽出したエンティティが灰色で表示され、抽出時に使われた汎用的な型ごとに並びます。

自分の仕事を一文で説明してください。 例：“We are an antibody discovery team.”

Memは実際の知識グラフを読み、すでに登場している語彙からOntologyの下書きを作ります。 それぞれの候補が何件のエンティティをカバーするかも表示します。 下書きを承認すると、キャンバスがあなたの型と色で整理されます。

最初の設定はこれで完了です。 空のフォームを埋めたり、自分でschemaを設計したりする必要はありません。

キャンバスの見方

Ontologyを設定すると、型表示にその内容が反映されます。

• 色は型を表します。 型ごとに色があり、その型を持つエンティティは同じ色になります。
• 灰色はOntologyにまだ含まれていない語彙です。 Memが以前使ったものの、現在の語彙体系でカバーされていない型は灰色のままです。 未処理の項目として、そのまま確認できます。
• ほかの内容は背景に下がります。 型表示中はMemory、Thread、ドキュメントが暗くなり、エンティティに集中できます。
• まとまりがある場所だけを領域として表示します。 同じ型のエンティティが実際に集まっている場合は、Memが領域を描いて名前を付けます。 集まっていなければ、見た目のためだけに境界を作ることはありません。

型にカーソルを合わせると、その型に含まれるエンティティだけが強調されます。 クリックすると対象へ移動し、もう一度クリックすると解除されます。

語彙をOntologyに加える

方法は二つあり、どちらも一つの操作で済みます。

既存の型へドラッグする。 灰色の語彙を色付きの型へドラッグします。 Memは、その型の別表記として記録します。 古い表記を使っているエンティティがある場合は、変更後の状態を先に表示し、適用するかどうかを確認します。

独立した型として残す。 その語彙自体を一つの型として扱うべきなら、新しい型としてOntologyに追加できます。

提案

Memは語彙の変化を見て、小さな修正を提案します。 実質的に同じ二つの型、正式な型にしたほうがよい頻出語、繰り返し現れる表記などが対象です。 各提案には理由が一文で表示され、カーソルを合わせると影響するエンティティを確認できます。

あなたが承認しない限り、MemがOntologyを変更することはありません。

既存のエンティティを移す

型の名前を変えても、知識グラフがすぐに書き換えられることはありません。 Memは実際のノード上で移行結果をプレビューし、対象のエンティティを変更後の色で表示して件数を示します。 適用すると移行し、取り消すと何も変わりません。

移行先に同じ名前のエンティティがすでにある場合、その項目はスキップされ、件数が表示されます。

Memがしないこと

• Ontologyの設定を必須にはしません。 未設定でも、Memはこれまでどおり動作します。
• Ontologyにない型を理由に抽出を失敗させません。 新しい語彙は記録して表示します。 拒否したり、架空の型へ勝手に入れたりしません。
• Ontologyを自動で変更しません。 すべての提案は承認が必要です。
• 古い語彙を捨てません。 廃止した型も別名として残るため、以前のエクスポートを再インポートできます。

ターミナルから操作する

画面上の操作はコマンドでも実行できます。

nmem ontology show                          # types, coverage, and unclaimed words
nmem ontology draft "antibody discovery lab" # draft one from your graph
nmem ontology proposals                     # the review queue
nmem ontology accept <id>
nmem ontology retype --from CELLLINE --to CELL_LINE   # preview
nmem ontology retype --from CELLLINE --to CELL_LINE --apply

データを変更する操作には明示的な確認が必要です。 draftは下書きを適用するコマンドを表示します。 retypeは既定ではプレビューのみで、--applyを付けた場合にだけ実行されます。

AIツールから使う

MCPで接続したAgentもこの語彙を読み、従うことができます。 ontology_readは型、説明、例を返します。 entity_searchは書き込む前に再利用できるエンティティを探します。 ontology_proposeは提案をレビュー待ちの一覧に追加します。

Agentは提案できますが、Ontologyを変更できるのはあなたです。

必要なもの

対話から下書きを作る機能と自動提案には、ツール呼び出しに対応したモデルが必要です。 リモートプロバイダーまたはNowledge AIを利用できます。 Ontologyの閲覧と手動編集は、どの環境でも使えます。